Tại một đất nước mà 70-90% dân số tôn thờ đạo Phật mặc dù họ có thể vô tôn giáo chứ không phải là tín đồ chính thức của đạo Phật[3][4][5][6] trong khi Tổng thống Ngô Đình Diệm lại là con chiên của Công giáo, chính quyền đã theo đuổi những chính sách mà các nhà sử học cho là rất thiên vị. Cụ thể, chính phủ Việt Nam Cộng hoà đã thiên vị Công giáo về các mặt dịch vụ công cộng cùng với các vị trí trong quân đội cũng như cắt đất, sắp đặt thương mại và giảm thuế.[7] Một lần, Tổng thống Diệm đã nói với một quan chức cấp cao của mình mà quên mất rằng(mẹ) ông ta theo đạo Phật: "Hãy đặt những cấp dưới theo đạo vào các vị trí nhạy cảm. Họ có thể tin được".[8] Nhiều sĩ quan trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa đã cải sang đạo Thiên Chúa vì nghĩ rằng viễn cảnh quân đội sẽ phụ thuộc vào tôn giáo này.[8] Thêm vào đó, vũ khí dành cho lực lượng dân quân trong ấp chiến lược chống cộng thì chỉ được phát cho những người theo đạo Thiên Chúa.[9] Một số cha xứ thậm chí còn có quyền chỉ huy quân đội riêng của mình,[10] và đã có những cưỡng bức cải đạo cũng như cướp bóc và tấn công chùa chiền tại một số khu vực trong khi chính phủ cố tình làm ngơ.[11] Một số ngôi làng mà phần đông dân cư theo Phật giáo phải cải đạo hoặc bị cưỡng ép tái định cư.[12] "Tình trạng riêng" được áp đặt đối với Phật giáo từ thời Pháp cai trị, vốn bắt buộc phải có sự cho phép chính thức từ chính quyền mới được tổ chức các hoạt động Phật giáo nơi công cộng, nay vẫn không được Tổng thống Diệm bãi bỏ.[13] Giáo dân trên thực tế là những người được miễn thuế (mặc dù không chính thức) và họ được nhận phần lớn viện trợ từ đồng minh Hoa Kỳ. Nhà thờ là những địa chủ lớn nhất cả nước và đất đai sở hữu bởi nhà thờ cũng được miễn thuế.[14] Lá cờ vàng-trắng của Vatican được treo ở công cộng trong suốt các sự kiện lớn ở miền Nam Việt Nam. Năm 1959, Tổng thống Diệm cung hiến đất nước mình cho Đức mẹ Maria với niềm tôn kính Đức mẹ Maria.[15]

Sự bất bình của giới Phật tử bắt đầu nổ ra sau lệnh cấm treo cờ tôn giáo nơi công cộng ban hành đầu tháng 5 năm 1963 trước lễ Phật Đản 2 ngày trong khi chỉ vài ngày trước đó, giáo dân được cho phép treo cờ Vatican trong một buổi lễ tấn phong Tổng giám mục xứ đạo Huế của Ngô Đình Thục, anh trai Ngô Đình Diệm.

Ở Huế, ngày 7 tháng 5, trước sự phản đối của giới Phật tử, Tỉnh trưởng Huế đã đồng ý cho phép treo cờ và đèn Phật giáo, nhưng Lãnh đạo Tổng hội Phật giáo Miền Trung nhận định chính quyền Ngô Đình Diệm vẫn không từ bỏ chính sách kỳ thị Phật giáo nên vẫn tiếp tục hành động đối phó chính quyền.[16] Sau đó, ngày 8 tháng 5, các Phật tử đã tụ tập và diễu cờ Phật giáo nhân dịp Phật đản năm 1963 tại đài phát thanh Huế và kéo theo đó là một vụ nổ súng. Diễn biến vụ nổ súng này được nhiều nguồn mô tả khác nhau như sau:

• Theo giáo sư lịch sử người Mỹ Seth Jacobs thì có một đám đông Phật tử phản đối lệnh cấm, bất chấp chính phủ bằng việc diễu hành ngoài trụ sở đài phát thanh với cờ Phật giáo trên tay, kêu gọi bình đẳng tôn giáo. Các lực lượng chính quyền đã bắn vào đám đông biểu tình và làm 9 người thiệt mạng.[17]
• Theo nhà nghiên cứu lịch sử Phật giáo Việt Nam là Nguyễn Hiền Đức, khi Phật tử tập trung tại đài phát thanh Huế để chờ nghe chương trình phát thanh lại lễ Phật đản diễn ra tại chùa Từ Đàm. Bỗng có 2 tiếng nổ lớn sau đó quân đội bắt đầu nổ súng. Có tám người thiệt mạng trong sự kiện này. Bác sĩ Erich Wulff chứng kiến sự việc tại đài phát thanh Huế và sau đó đến nhà xác quan sát các thi thể khẳng định có 5 trong 8 nạn nhân bị xe bọc thép bắn mất đầu.[16]

Phản ứng lại vụ nổ súng này, Tổng thống Ngô Đình Diệm đã chối bỏ trách nhiệm của chính quyền về thương vong và quy trách nhiệm cho "Việt Cộng" khiến cho sự phản kháng càng dữ dội.[17] Các lãnh đạo Phật giáo đưa ra bản yêu sách gồm các điểm:[18]

1. Chính phủ bỏ lệnh cấm treo cờ Phật giáo
2. Được tự do hành đạo như Công giáo
3. Xem xét lại dụ số 10 để không coi tôn giáo như một hiệp hội
4. Chấm dứt khủng bố đàn áp Phật giáo
5. Bồi thường cho các nạn nhân vụ đài phát thanh Huế và trừng trị kẻ gây đổ máu